В 2000 году группа приняла участие в трибьюте группы Кино «Кинопробы», записав две песни Цоя: «Скоро кончится лето» (А.Г: «Мы изначально хотели брать «Бездельника», потому что песня не очень известная, тем более поначалу, насколько я помню, проект собирались делать исключительно из альбома «45». Но потом, когда мне сказали, что можно брать любую песню из любого альбома, которая нравится, я выбрал эту, потому что по стилистике она нам самая близкая. У меня со всеми песнями Цоя связаны какие-то воспоминания, потому что я бывший «киноман». Все песни знаю наизусть, но эта больше всего в голову забилась.») и чуть позже «Печаль».

Наиболее значительным событием в истории группы стало выступление на «Нашествии 2001» в Раменском. Для начинающей группы это было серьёзным прорывом. После группа не пропускала ни одного «Нашествия».

Весной 2002 года на свет появился долгожданный второй альбом «Раскрашенная душа». Этот альбом знаменателен тем, что в его основе лежит гитарная музыка. Именно после его выхода пресса запестрила заголовками «Ещё одна группа, уверовавшая в гитарную музыку» или «Гитарный Рок Кукрыниксов». Этот альбом группа записывала уже в ином составе, нежели предыдущий. Александр Леонтьев и Максим Войтов задействованы там только в бонус-треках, записанных в более ранний срок в отличие от основного материала. К группе присоединились: Дмитрий Оганян, Виктор Бастраков (вскоре ушедший из группы) и Илья Леваков (тоже вскоре покинет коллектив). На одну из песен альбома, а именно на песню «Раскрашенная душа» группа сняла клип, он стал вторым клипом в истории группы (первый клип «Это не беда»). Оба клипа активно ротировались на российском телевидении.

2003 год можно охарактеризовать как год записи альбома «Столкновение». В конце 2002 года в своём новогоднем поздравлении на официальном сайте Алексей Горшенёв сказал «надеемся, что в следующем году выпустим наш новый альбом «Столкновение». Но этого не произошло… обещанный альбом вышел только в весной 2004. Этот альбом показал музыкальной общественности новое звучание группы, которое так долго искали музыканты. Поклонники смогли оценить его после запуска в ротации «Нашего радио» песни «Серебряный сентябрь». В этой песне вместо живых барабанов использованы электронные. Именно с записи этого альбома группа стала по-настоящему «музыкальной семьёй». Состав группы не меняется по сей день: Алексей Горшенёв (вокал, тексты, ритм-гитара), Дмитрий Гусев (гитара, музыка), Дмитрий Оганян (бас-гитара, бэк-вокал), Роман Николаев (ударные), Стас Майоров (звук, программирование).

Незадолго до выхода альбома «Столкновение», а именно в конце февраля 2004 года у группы образовывается первый в её истории фан-клуб, вскоре получивший название по названию альбома «Столкновение». 17 июня 2004 года группа презентовала свой официальный фан-клуб (тогда он состоял из двух фан-клубов: Столкновение и Общероссийский). Презентация проходила в питерском клубе «Deep Sound», конечно же, с выступлением группы и весёлыми конкурсами, которые подготовили два фан-клуба заранее. В конце 2004 года «Общероссийский фан-клуб» закрывается. Фан-клуб «Столкновение» продолжает своё существование по сей день. На песню «Знай» с альбома «Столкновение» был снят видеоклип. Клип ребята снимали в Ленинградской области. Клип не получил широкой популярности на российском телевидении.

15 мая 2004 года в питерском клубе «Старый дом» прошла презентация альбома «Столкновение». Это действо было заснято на многочисленные видеокамеры, которые были расположены в помещении клуба. Осенью того же года вышел DVD «Столкновение Live» с этим самым концертом и 4 клипами группы.

В последних числах мая 2004 года группа приняла участие в телепередаче «Чистый звук» 5 канала питерского телевидения. Группа исполнила порядка 10 песен, в основном из последнего альбома на тот момент. Передача вышла в эфир в июле.

Лето-осень музыканты были заняты записью альбома «Фаворит Солнца». Этот альбом вышел в ноябре 2004 года. За это время группа сменила рекорд-компанию с CD-Land на НИКИТИН (на ней также выпускают свои альбомы Сурганова и Оркестр, Мультфильмы и тд). Альбом вышел 25 ноября 2004 года, в него вошло 11 песен. Запись велась на студии ДДТ (в общем-то там же был записан альбом «Столкновение», «Раскрашенная душа» была записана на студии «НЕВА»). К слову сказать, на студии музыканты пишут только голос и бас, всё остальное записывается дома. Дмитрий Гусев считает это хорошей традицией.

В конце ноября группа приняла участие в съёмках новогодней передачи «Неголубой огонёк 2», где исполнила знаменитую песню Муслима Магомаева «Свадьба» в дуэте с популярной певицей Алёной Апиной. А.Горшенёв: «Вообще это была забавная ситуация. Мы записывали основной материал, а Апина, которой просто дали бумажку с текстом, подпевала нам, что называется, «ни сном, ни духом» не представляя, кто мы вообще такие. Потом, после выступления, она подошла: «Ой, как клёво - вы такие интересные ребята! Давайте я заново спою свою партию – а то я ведь думала, что это ерунда, и пела только чтобы отвязаться». Конечно, во второй раз она сделала это не лучше, но сам факт интересен (смеётся)». После данного выступления в прессе стали появляться высказывания насчёт того, что Кукрыниксы ударились в попсу, спев с поп-дивой оточественной попсы, на что лидер группы возражал:
«Мне бы хотелось спеть с ещё худшими исполнителями, потому что здесь мы находимся в более выигрышной ситуации: показываем, что рок-н-ролл лучше, чем все эти эстрадные дела. И чем хуже артист, тем лучше. Хорошо бы спеть вообще с какими-нибудь «Сливками», ведь Алёна Апина всё-таки заслуженная артистка РФ. Кстати, потом я видел это выступление со стороны – и не скажу, что оно как-то унизило моё достоинство. Да, бывает, что при таком «сотрудничестве» выигрывают попсовики, а рокеры остаются ни с чем… но это не тот случай. Мы «остались на коне» - и слава Богу.»

Позже музыканты были приглашены принять участие в программе живых выступлений молодого, но подающего надежды телеканала О2 тв. Съёмка прошла 1 мая 2005 года.

31 сентября 2005 года на российские экраны вышел фильм Фёдора Бондарчука «9 рота». Ещё задолго до начала съёмок режиссёр фильма (Ф.Бондарчук), предложил Алексею Горшенёву написать песню для фильма (саундтрек), на что Алексей откликнулся и в кратчайшие сроки (буквально за день) была готова песня «9 рота». Песня успешно вошла в ротацию «Нашего Радио» и мгновенно стала популярной. Фёдор Бондарчук сказал, что песня подойдёт для титров фильма. Но замысел и идея фильма постоянно пересматривались, менялись… и в конце концов песня группы идейно не подошла по духу фильма. Но в долгу Бондарчук не остался и предоставил группе материалы из фильма для монтажа видеоклипа группы на новую песню «Звезда». Клип успешно ротировался, и на настоящий момент ротируется на музыкальных телеканалах. К слову сказать, он даже занял первое место в СМС-чарте на МТВ.

Лето-осень музыканты были заняты записью своего нового, 5 по счёту альбома, «Шаман». Новые песни с него: «Звезда», «Родина-фотография», «Падающая звезда», «Иллюзии» - группа начала играть и исполнять ещё в апреле этого года.

15 апреля 2006 года на музыкальных прилавках Питера и Москвы (а потом и всей России) появляется долгожданный альбом «Шаман». Пластинка из 13 песен, что интересно, именно на этом альбоме мы можем услышать первый музыкальный опыт Дмитрия Оганяна (бас, бэк-вокал), который выступил в качестве исполнителя и автора музыки одной из песен альбома.

В июле на музыкальных каналах страны появляется клип на песню «Колдовство», режиссером клипа стал директор группы Игорь Гудков.

В конце 2007 года вышел новый альбом «XXX», что не могло не обрадовать фанатов.